全书按编年体记事，共8卷。作为战争的亲历者，修昔底德详细地记录了伯罗奔尼撒战争事件，并分析了这场战争的原因和背景。

全书被后世学者分为8卷，严格按时间顺序展开史事，各卷之间保持着必然的联系。第一卷开头有一个序言，阐明作者的写作动机、方法，接着勾勒了战前希腊历史的轮廓，追溯了雅典人与拉栖代梦人之间矛盾的发展过程；第二、三、四卷至第五卷第24节，记载战争的前10年（所谓“阿奇达姆斯战争”），即自战争爆发至“尼基阿斯和约”的签订；第五卷第25~116节叙述“尼基阿斯和约”的签订至西西里远征，即所谓“和平”时期的史事；第六、七两卷叙述西西里远征始末；第八卷叙述战争最后阶段，即狄凯里亚战争和伊奥尼亚战争。按修昔底德自己的计划，他的历史著作将一直写到公元前404年雅典长城被拆毁和比雷埃夫斯港被占领为止。但是他的著作只写到公元前411年冬天，就突然中断了，最后一句话也是不完整的，说明他的著作尚未完成。